Значение карты шестерка пик: Семёрка Пики — значение карты при гадании

Содержание

Шестерка Червей: Значение и описание карты

Краткое значение: В жизни царит покой и мир.
Перевернутая: На человека оказывают давление, рядом с ним много искушений.
Значение в любви: Произойдут какие-то позитивные события.
Значение в работе: Предстоит командировка, которая связана с неприятностями.

Шестерка Червей в прямом положении

Человеку скоро предстоит отправиться в дорогу, и путешествие его, скорее всего, порадует. Если даже гадающий не получит удовольствия от поездки, то она, хотя бы, не продлится долго. Поэтому не доставит большого количества хлопот.

В жизни человека все спокойно. Ему не стоит ждать особых перемен в жизни и неприятностей. Если же сейчас все не слишком хорошо, то карта является советом не нервничать и немного подождать.

Еще одна традиционная расшифровка карты – вскоре человеку предстоит прогулка, но сейчас ее осуществлению мешают помехи.

Если расклад ведется на характер человека, то это человек, которому по жизни сопутствует удача.

  • Человек с большой удачей;
  • Спокойный период;
  • Весна;
  • Прогулки рядом с водой;
  • Приятная поездка;
  • Несобранность;
  • Утреннее свидание;
  • Настроение, связанное с романтикой;
  • Радость;
  • Гости.

Шестерка Червей в перевернутом положении

Можно считать, что карта предупреждает о том, что вскоре обстоятельства жизни человека могут резко измениться. Это изменение будет связано с объективными причинами. Это такой случай, когда в любых бедах можно смело винить судьбу, ведь именно она забрала у человека везение и от него ничего не зависело. Карта говорит, что человек попал в «колею», и его движение по ней никак не зависит от его собственных действий.

Обстоятельства сложатся так, что появятся помехи к достижению успеха, получению ответного чувства или выполнению выстроенных планов.

Иногда неприятная ситуация может занять много времени, но в ней не будет слишком много драматизма.

  • Полоса невезения;
  • Безделье;
  • Невозможность выполнить задуманное;
  • Усилия, которые не приносят пользы;
  • Неприятная ситуация;
  • Отмена встречи, которая была важна;
  • Занятость;
  • Хлопоты;
  • Невыполненные желания;
  • Расстройство дел.

Шестерка Червей в любовных раскладах в прямом положении

Во взаимоотношениях с партнером царит гармония. Также возможно, что человеку предстоит любовное свидание. Если у человека нет пары, то карта говорит о периоде, когда он достигнет душевного покоя.

Если гадают на отношения, в которых имеются проблемы, то карта символизирует будущее примирение. Возлюбленные, скорее всего, придут к компромиссу. В самом минимальном значении карта говорит, что человек способен смириться с тем, что у него с партнером разные взгляды, и не пытаться разорвать отношения из-за этой разницы.

  • Нахождение компромисса;
  • Душевный покой;
  • Гармония;
  • Небольшой подарок;
  • Путь к любви;
  • Визит хорошего человека;
  • Прогулка;
  • Счастье;
  • Свидание;
  • Надежда.

Шестерка Червей в любовных раскладах в перевернутом положении

Человеку не стоит столь поспешно делать идеал из своего партнера, ведь в настоящее время еще нет гарантии, что чувства партнера глубокие и искренние. Есть вероятность, что у другого человека основным намерением являются не чувства, а свой личный интерес.

Но, кроме этого, карта обозначает не столько неправильные надежды, которые возложены на другого человека, сколько то, что они могут исполниться не столь быстро, как ожидается.

  • Отмена желанной встречи;
  • Обида;
  • Недоумение;
  • Ложные надежды;
  • Неумение найти общий язык;
  • Свидание, которое разочарует;
  • Меланхолия;
  • Огорчение;
  • Неискренность чувств;
  • Корыстные намерения.

Шестерка Червей в раскладах на работу в прямом положении

Если вопрос касался карьерной сферы, то такая карта означает очень разнообразный коллектив, в котором взаимодействуют очень разные люди, с разными планами, мыслями, взглядами на жизнь. Но при этом у них хорошо получается взаимодействовать и не вступать в конфликты.

Человеку вскоре придется поехать в командировку, которая связана с неприятностями. Он постоянно отвлекается от рабочих вопросов и ведет себя несобранно. Карта может говорить о том, что симпатии к коллегам мешают выполнять основную работу и слишком много отвлекают человека на мысли.

Иногда может предсказывать проведение встречи, которая важна для карьеры, новое полезное знакомство.

  • Рабочий коллектив с большим разнообразием;
  • Важная встреча;
  • Полезное знакомство;
  • Изменение планов;
  • Приятное предложение;
  • Небольшой праздник;
  • Симпатии;
  • Несобранность;
  • Отвлечение от основной задачи;
  • Работа, связанная с творческими задачами.

Шестерка Червей в раскладах на работу в перевернутом положении

В таком положении шестерка червей означает, что в отношении решения рабочих дел появились помехи. Обычно они не слишком значительные. Но если человек видит, что проблем становится много, и они перестают быть безобидными, стоит что-то делать. Ведь они способны накапливаться и перерастать в действительно опасные ситуации.

Трудности, которые связаны с работой, появились из-за того, что человек ведет себя несобранно, и у него нет полного плана собственных действий.

В делах может долгое время длиться застой, накапливаться небольшие трудности и помехи. Возможно, человек работает не на том месте, которое ему нравится.

  • Несобранность в делах;
  • Помехи по работе;
  • Отсутствие мотивации;
  • Работа не на своем месте;
  • Отсутствие плана;
  • Застой в делах;
  • Невнимательность;
  • Обещания, которые не исполняются;
  • Хлопоты;
  • Ошибки.

Шестерка Червей в сочетании с другими картами

Сочетание Значение
С десяткой бубен ваш литературный талант будет оценен по достоинству
С бубновым королём показатель отличных материальных перспектив
С семеркой червей отсутствие проблем со здоровьем
С девяткой червей чувства вашего партнёра искренние и глубокие
С десяткой червей скорое свидание
С королем червей вы мало уделяете внимания своим близким
С тузом треф перспективная договоренность
С шестеркой треф деловая встреча
С трефовой девяткой наличие у человека ложных представлений и идеалов
С дамой треф некая интрига
С восьмёркой пик наличие широкого круга друзей и знакомых
С пиковой дамой сильное эмоциональное и физическое напряжение

Значение всех карт

Новый, более полный и более глубокий гороскоп совместимости. Анализ ожиданий в отношениях, степени соответствия и подробное описание совместимости. Гороскоп строится для совместимости в личных отношениях.

Десятка пик — значение карты в раскладах и гаданиях на любовь, работу или будущие события


Общее значение


Прямая


Хотя 10 пик в большинстве раскладов имеет негативный окрас, однако это не всегда верно. Одни толкуют ее как некие ограничения, неисполнение задуманных желаний или болезни. Другие – как поездки и мероприятия, сильный интерес к чему или кому-либо. Определиться, как же трактовать карту, выпавшую в гадании на будущее, помогут выпавшие рядом карты.


Например, с 7 бубен – вопрошающему поступит некое заманчивое предложение, которое станет для него неожиданным, с королем – ожидается небольшое улучшение сложившейся ситуации. С тузом – ожидается получение письма, с 8 и 10 – скоро кверент отправится в дорогу. С остальными бубнами – возможное исполнение задуманного.


Для болеющего карта, выпавшая с 10 треф – говорит, что скоро наступит момент выздоровления. Критический, переломный момент в течении болезни пройден, и скоро все поправится. Такое же толкование будет, если 10 пик выпала с другими пиками, плюс к этому иногда предвещает счастливое разрешение неких неприятных проблем. С другими трефами – всё решится сами собой.


Перевернутая


В таком положении карта тоже следует толковать в зависимости от поставленного вопроса, а также по анализу карт, выпавших рядом. В некоторых гаданиях она предвещает усугубление сложившейся ситуации и появление трудностей, которые, однако, будут с легкостью преодолены. В большинстве случаев – рассказывает о получении немедленных результатов, хотя не всегда таких, какими их задумал вопрошающий.


Если рядом выпал туз бубен – к получению неприятного или печального известия. С 8 и 10 – намечается поездка, которая не вызовет положительных эмоций. С остальными бубнами – к неблагоприятному решению неких проблем.


С 8 пик – собственными необдуманными действиями и поступками кверент сам себе создаст проблемы, а ответственность за их возникновение полностью ляжет на вопрошающего. С валетом пик – для больного означает надежду, что недуг вскоре отступит. С другими пиками — неполное или частичное выздоровление.


Любовные отношения


Прямая


В любовных отношениях прямое положение карты говорит, что отношения с партнером развиваются не совсем так, как ожидалось. Возможно, недопонимание из-за непредсказуемости кверента, ставит партнера в неловкое или неприятное положение, ему постоянно приходится подстраиваться, что отрицательно сказывается на его чувствах.


С королем червей – рассорившимся партнерам следует вспомнить, как начинались их отношения. Воспоминания о приятных эмоциях, которые они вызывали друг у друга, помогут наладить их семейную жизнь. С другими червями – к счастливому разрешению всех семейных проблем. Настал момент, когда все решено, конец всем тревогам и колебаниям в сердечных делах. Иногда предрекает скорую свадьбу.


С королем треф – для решения проблем, связанных с партнером, следует искать помощи у своих близких и друзей. Они обязательно помогут и дадут верный совет, которым обязательно следует воспользоваться.


Перевернутая


В перевернутом положении – указывает на не очень счастливое разрешение семейных проблем. В некоторых случаях – является предзнаменованием начала сложного периода в отношениях, любовная эйфория заканчивается, и начинаются обычные житейские будни. В сочетании с 6 червей – говорит о желании кверента разорвать союз, зашедший в тупик, отдалиться от партнера. С прочими червями – возможен разрыв или отдаление от партнера.


С дамой бубен – следует остановиться и осмотреться. Возможно, отношения не настолько хороши, чтобы за них цепляться и стоит их прекратить. С 10 бубен – конфликты и ссоры в любовной сфере будут вызваны самим вопрошающим. Следовательно, все негативные последствия будут лежать только на нем, во всех проблемах винить следует только себя и никого другого.


Работа, бизнес и карьера


Прямая


В прямой позиции – говорит о внешних непреодолимых обстоятельствах, которые мешают продвижению в деловой сфере. Жесткие рамки, в которые поставлен кверент, мешают ему самореализовываться и двигаться к намеченной цели. «Пан или пропал» — вот о чем вкратце говорит данная карта. Главное – не переоценивать свои возможности, иначе это может привести к непредсказуемому результату.


В сочетании с тузом пик – очень велика вероятность благополучного исхода сложившейся ситуации. Возможно, даже получение прибыли. С 9 – следует сделать паузу в работе или делах, не бросаться в омут сломя голову. С другими пиками – разрешение ситуации будет не полным, или результат окажется не тем, каким ожидался. С 10 червей – на горизонте ожидается некое значимое и крупное дело, которым кверенту предстоит заняться в ближайшее время.


В сочетании с мастью треф – ожидается улучшение финансового благополучия или неожиданное решение всех проблем. С 8 или 10 бубен – командировка, а с другими бубнами – исполнение желаний, связанных с имущественными делами или работой.


Перевернутая


В перевернутом положении карта может предрекать безосновательные амбиции вопрошающего. Если он не воспримет данный совет, то его могут ожидать ухудшение ситуации, неудачи и финансовые потери.


В сочетании с 9 треф – возможны неприятности с деньгами. С дамой – есть опасность, исходящая от окружения кверента. В его кругу появились завистники и лжецы. Стоит внимательно присмотреться к окружающим и не воспринимать их советы всерьез. С другими трефами – не очень значительное улучшение финансового состояния.


С 7 червей – советует действовать как можно более уверенно, но перед этим все верно рассчитать. Это будет гарантией удачного завершения всех дел и залогом успеха. В итоге вопрошающий еще и опыта получит. С другими червями – бесполезные денежные хлопоты.

6 крести (треф): значение карты

0

744

Рейтинг статьи

В раскладе карта выпадает в прямом или перевернутом положениях. 6 крести всегда положительна для любой сферы в жизни. Омрачить значение способны соседние фигуры.

Значение карты 6 крести в гадании

Основное значение

В гадании используют не только Таро, подойдёт и обычная игральная колода. Для расклада покупают новую колоду и по прямому назначению её больше не используют. Все карты имеют два положения – прямое и перевернутое. От него зависят толкования.

Прямое положение

В этом положении значение карты шестерка треф – покой и мир. Глобальных жизненных изменений и неприятностей не будет.

Если в жизни гадающего сейчас неблагоприятный период, карта советует успокоиться и переждать момент.

Сейчас агрессия и злоба будут лишними эмоциями, не стоит поддаваться негативу и конфликтовать с близкими людьми. Это лучшее время, чтобы обрести внутреннюю гармонию. Как долго продлится этот период, 6-ка крести не говорит.

Перевернутое положение

В этом положении значение карты 6 треф – давление общества на человека, негатив. Гадающего окружают искушения, это приводит к тому, что его вторая половинка становится для него непривлекательной и скучной. Такие отношения быстро закончатся.

Иногда карта 6 треф в гадании говорит о намерениях партнёра спровоцировать негативные эмоции.

Значение 6 треф в раскладе – бессилие человека, его неспособность изменить происходящее. Неприятный период продлится недолго.

Любовь

Наиболее распространённые вопросы, которые задают девушки при гадании, касаются отношений. Здесь положение карты тоже имеет большое значение.

Прямое положение

Шестерка треф в этом положении означает сразу несколько предстоящих положительных событий, касающихся любви. Гадающий в любой момент встретит возлюбленного, произойдёт это в каком-то публичном месте. Дополнительное значение: роман с влиятельным человеком, который постепенно приведёт к созданию семьи. Гадание на любовь, при котором выпадает шестёрка крестей, готовит человека к новому роману. Он будет полон положительных эмоций и страсти. Пренебрежение чувствами и невнимательность к партнёру приведут к разрыву.

Для того, кто нашёл вторую половинку, шесть крести – признак угасающих эмоций. Стоит подарить близкому человеку что-нибудь или устроить романтический сюрприз. Если момент для сближения утерян и наступил кризис, требуется переждать.

Перевернутое положение

Сочетание карт влияет на толкование

Шестерка в этом положении при гадании на любовь говорит о тайном искушении одного из партнёров, которое мешает строительству крепких взаимоотношений. Такой союз обречён на распад, возлюбленному неинтересен гадающий. Если рядом выпадает валет червей, длительные отношения будут разорваны, это болезненно скажется на обоих партнёрах.

Когда шестерка выпадает совместно с дамой треф, последуют провокации со стороны партнёра. Причины такого поведения бывают разными, их уточнят соседние знаки.

Если при гадании на любовь одинокому человеку выпадает перевернутая шестерка крестей, друг друга будут сменять романы-однодневки, на длительные отношения в это время рассчитывать не стоит. Ситуацию усугубляет выпавшая рядом девятка червей, говорящая, что период одиночества затянется.

Карьера

Гадание на работу занимает второе место после вопросов о любви. Здесь символ также имеет неоднозначное значение, которое следует толковать, опираясь на положение и сочетание с соседними мастями.

Прямое положение

Ожидается командировка, связанная с неприятными событиями. Изменить ситуацию помогут соседние масти:

  • бубновый валет – не стоит начинать новые проекты, они окажутся безуспешными;
  • 9 крестей – скоро в семье ожидаются непредвиденные расходы, связанные с прибавлением;
  • 8 бубен – скоро наступит благоприятный период.

Перевернутое положение

Когда шестерка выпадает в таком виде, человека ожидают сильные энергетические и трудовые затраты, которые не принесут ожидаемого эффекта. Если шестерка выпадает вместе с королём крестей, старания никто не оценит, о карьерном росте на данном этапе стоит забыть. Если рядом 10 пик, требуется хранить все свои мысли при себе, всё сказанное враги обернут против гадающего.

Сочетание с другими картами

Значение символа способно полностью измениться, если рядом стоит символ с негативным значением.

Прямое положение

Крестовый валет говорит о получении добрых вестей и полезной информации. 9 червей рекомендует навестить дальних родственников, они нуждаются в помощи. 6 крестей говорит о приятном путешествии, которое закончится благополучно. Во время поездки уйдут все тревоги, наступит внутреннее спокойствие.

Перевернутое положение

10 треф указывает, что человеку предстоит длительное путешествие, которое будет тягостным. Поездка навязана плохими событиями. 7 червей свидетельствует о том, что здоровье под угрозой.

Значение игральных карт: 6 Треф

Карта любви Шесть треф (крести). Даты рождения 30 марта, 28 апреля, 26 мая, 24 июня, 22 июля,

6 треф интуиция

Заключение

В каком бы раскладе ни появилась 6 крестей – это повод ненадолго приостановить активные действия и переждать. Ее толкование положительно, но иногда наступает время, полное неприятных моментов и рутины. Требуется уделять больше внимания семье и друзьям. Неприятный период вскоре закончится.

Пасьянс Клондайк — онлайн и 100% бесплатно

Пасьянс «Клондайк» — это классическая версия пасьянса, иногда называемая «Терпение». С Solitaired вы можете:

  • Играйте в любое количество игр бесплатно
  • Отменить ходы
  • Сохраните игру и возобновите ее на потом
  • Отслеживайте, сколько ходов нужно, чтобы выиграть игру, и ваше время
  • Удачи!

Почему эта игра называется «Косынка»?

История Solitaire восходит к 1780-м годам в Германии.Мы знаем, что игра стала популярной примерно в то время в Германии, Франции, а позже и в остальной Европе. Тогда игра называлась «Терпение», поскольку для победы нужно «терпение». Даже по сей день Терпение все еще используется для описания игры, особенно в Европе.

Вы не поверите, но термин «пасьянс Клондайк» уходит корнями в золотую лихорадку конца 1890-х годов. Золото было обнаружено в северо-западном регионе Канады или в районе Клондайк на территории Юкона, что спровоцировало наплыв шахтеров с западного побережья Соединенных Штатов.

Это было изнурительное путешествие, когда шахтерам пришлось нести запасы продовольствия на год. Чтобы скоротать время, майнеры, естественно, раскладывали пасьянс, и был придуман термин «Клондайк Пасьянс», который отдает дань уважения территории.

Как раскладывать пасьянс Клондайк.

На нашей домашней странице также есть подробное руководство о том, как играть в пасьянс клондайк, но вот краткое резюме:

Цель игры и как выиграть

Чтобы выиграть, вам нужно поместить все карты в четыре стопки фундамента.Это четыре пустые области в верхней части игры. Каждая стопка представляет собой другую масть и должна заполняться по порядку, начиная с туза и заканчивая королем. Например, вы поместите сначала пиковый туз, затем два пиковых, а затем три пиковых, пока не появится пиковый король. Как только вы сделаете это со всеми четырьмя фундаментными сваями, вы выиграете игру!

Перемещение карт со склада в фундамент

В левом верхнем углу вы увидите стопку карточек. Это называется вашим запасом. Каждая карта удаляется из запаса по одной или по три, в зависимости от типа игры. Эти карты могут входить либо в фундамент, либо в таблицу, то есть карты, расположенные лестницей под стопкой.

Карты можно переместить прямо в фундамент, если они расположены в правильном порядке. Например, если у вас есть туз пик в качестве первой карты, перевернутой из вашего запаса, вы можете положить эту карту в основную стопку для пик.Если ваша вторая карта — это Двойка пик из стопки, вы можете поместить ее поверх туза пик в стопке Основания.

Перемещение карт из стопки на стол

Карты из колоды также могут быть помещены в Табло. Таблица представляет собой группу карт с семью столбцами, с последней картой каждого столбца, повернутой вверх, и с каждым столбцом, имеющим дополнительную карту (т. Е. В первом столбце есть одна карта, во втором столбце — две карты и так далее. до седьмого столбца, в котором семь карт)

Перемещение карт из хранилища в фундамент или на стол

Карты из стопки могут быть помещены под картой в Табло, если эта карта противоположного цвета и на номер выше, чем карта стопки. Например, предположим, что в третьем столбце таблицы есть восьмерка червей. На нее можно положить 7 пик или треф из запаса.

Построение таблицы

Точно так же карты на таблице можно перемещать в другие столбцы, где есть карта противоположного цвета и с возрастающим числом. Это называется «строительство». Например, если в третьем столбце есть 3 трефы, его можно переместить в другой столбец под картой, которая представляет собой 4 червы или бубны.Помните, что в каждом столбце таблицы последняя карта всегда должна переворачиваться лицевой стороной вверх. Это означает, что если после перемещения 3 треф осталась закрытая карта, ее нужно перевернуть, и она станет еще одной картой, с которой вы можете строить.

Группы раскрытых карт тоже можно перемещать по игровому полю. Например, если в последнем столбце есть семерка треф, 6 червей и 5 пик, перевернутые в указанном порядке, эту группу карт можно переместить под 8 бубен и червей в другом столбце.

Цель перемещения карт в таблице — открыть дополнительные карты.

Когда карты открываются, пока вы «строите» таблицу, вы можете переместить их в фундамент, что поможет вам выиграть игру. Например, если последней картой в столбце таблицы является 8 бубен, и если вы находитесь на 7 бубен в основной стопке бубен, вы можете переместить туда 8 бубен. Это откроет еще одну закрытую карту столбца, если там есть нефть.

Наконец, если вы обнаружите, что первый столбец пуст (столбец, который начинается с одной карты, перевернутой лицевой стороной вверх), вы можете переместить карту короля в эту стопку, чтобы помочь построить таблицу и в конечном итоге переместить карты в правильную стопку основания.

Как только вы переместите все карты со стола и из стопки, вы выиграли!

Что такое пасьянс Клондайк 1 ход?

Во-первых, если вы запутались, пасьянс Клондайк относится к классической версии пасьянса. Иногда его также называют терпением. В любом случае, когда вы слышите игровой пасьянс, в основном это относится к пасьянсу Клондайк.

В каждой пасьянсе есть запас. Вы берете или переворачиваете карты из колоды, которую можно поместить либо в фундамент, либо на игровую площадку (более подробное руководство см. В нашем руководстве по игре в пасьянс).На первом ходу вы берете карты по одной из колоды, как следует из названия.

Чем ход 1 отличается от хода 3?

Вместо того, чтобы брать по одной карте из колоды за раз, вы можете брать по 3 карты за раз. Это называется третьим ходом. Из трех перевернутых карт вы можете сыграть только первую из трех в этом ходу. Если вы можете разыграть первую из трех карт, то можете разыграть вторую, а затем разместить третью.

Здесь вы можете увидеть пример того, как только одна карта переворачивается из стопки отходов.

А вот пример третьего хода, когда три карты из колоды перевернуты в кучу отходов. Здесь вы можете поместить Туз Пик в фундамент, который оставляет Короля Треф и Королеву Червей. Если можно сыграть Королем треф, то вы можете попробовать сыграть Королевой червей. Если в какой-то момент вы не можете или не хотите играть этими картами, вы переворачиваете следующие три карты в колоде.

Что проще, и во что я должен играть?

На третьем ходу вы потенциально можете поместить в игру только каждую третью карту.Это означает, что ваши возможности более ограничены, тогда как на первом ходу у вас есть возможность помещать каждую последующую карту из запаса в игру, что упрощает игру. Ваши шансы на победу в игре 1-го хода выше, чем в 3-м ходу.

Если вы новичок в пасьянсе, мы рекомендуем сыграть первый ход. По мере того, как вы поправляетесь, попробуйте 3 ход, чтобы сделать игру более сложной. Если вы опытный игрок и сыграли только первый ход, то третий ход — хороший вариант для продолжения.

Есть и другие варианты хода 1 и 3.Вы можете ограничить общее количество проходов, которое вы получаете, переигрывая кучу отходов обратно в кучу запасов. Некоторые игроки ограничивают его одним проходом. Это означает, что когда вы дойдете до своей последней карты в запасе, и к тому времени вы не сможете выиграть игру, игра окончена.

Все эти вариации предназначены для создания различной степени сложности в зависимости от того, насколько сложна игра, в которую вы хотите играть. Это не сильно отличается от перехода на разные уровни видеоигры. В Solitaired мы допускаем неограниченное количество проходов запаса, что довольно часто встречается как в играх первого, так и третьего хода.

Личность и значение туза пик

Туз пик

SPADE : Физическое — Работа — Мудрость
ACE : Тоска — Я
ВЫЗОВ: Жадность


ЛОПАТКА

Личность Спейда любит заниматься миром физически. Дух лопаты воплощен в орудиях труда, и он земной.Мир заставляет лопату копать глубоко в твердую почву, чтобы удовлетворить потребности души.

ACE

Ценность туза равна единице. Один сам по себе. Я есть и мне нужно. Личность Туза направлена ​​на удовлетворение своей особой потребности.

ПУТЕШЕСТВИЕ ДУШИ

Их Карта души — это 7 Сердца. Эта эмблема символизирует преодоление эмоционального стресса, связанного с ревностью или отсутствием признательности.

В идеальном мире Пиковый туз самоотверженно погружается в работу, не нуждаясь в похвалах. Они уравновешивают свои амбиции, связанные с работой, с эмоциональными потребностями тех, кто любит их и понимает, что настоящий жизненный путь — это любовь.

Личности Ace of Spade харизматичны. Им нравится быть физически активными и у них есть романтические ожидания, которые могут заставить их искать свою идеальную любовь или вторую половинку.

Начиная с подросткового возраста и до двадцати пяти лет, Туз пик получает много звонков о помощи, обычно финансовой. Это особенно верно в отношении тех женщин, друзей или родственников, которые приравнивают деньги к верности.

Нелегко быть идентифицированным как Туз пик. Им требуется много внутренней работы, чтобы преодолеть негативные привычки мышления и использовать свои беспокойные, если не безрассудные модели поведения.

В самом духовном толковании личность Пикового туза отправляет душу в жертвенное путешествие; не как наказание, а чтобы отказаться от лести и одержать победу над маленьким я.

Дней рождения для A ♤

13 января (Козерог), 11 февраля (Водолей), 9 марта (Рыбы), 7 апреля (Овен), 5 мая (Телец), 3 июня (Близнецы), 1 июля (Рак)

Карта души для A ♤

7 ♥ — это карта души для туза пик. Эта карта представляет собой эмоциональную незащищенность. Как карта души, она вызывает потребность в признании или признательности в жизни туза пик.

Какая у вас карта?

Чтобы найти свою карту, выберите
свой день рождения и нажмите Go!

SPAdes 3.14.0 Руководство

SPAdes 3.14.0 Руководство

SPAdes 3.14.0 Руководство

  1. О SPAdes
    1.1. Поддерживаемые типы данных
    1.2. Трубопровод SPAdes
    1.3. Производительность SPAdes
  2. Установка
    2. 1. Загрузка двоичных файлов SPAdes Linux
    2.2. Скачивание двоичных файлов SPAdes для Mac
    2.3. Скачивание и компиляция исходного кода SPAdes
    2.4. Проверка установки
  3. Запуск SPAdes
    3.1. Вход SPAdes
    3.2. Параметры командной строки SPAdes
    3.3. Сборка IonTorrent читает
    3.4. Сборка длинных парных считывателей Illumina (2×150 и 2×250)
    3.5. Выход SPAdes
    3.6. плазмидные SPA и метаплазмидные SPAdes выход
    3.7. biosyntheticSPAdes выход
    3.8. Оценка сборки
  4. Автономные двоичные файлы, выпущенные в пакете SPAdes
    4.1. к-мер счет
    4.2. Фильтр чтения покрытия k-mer
    4.3. Мощность k-мер, оценивающая
    4.4. Построение графа
    4.5. Долгое чтение для выравнивания графика
    4.5.1. Выравниватель hybridSPAdes
    4.5.2. SPAligner
  5. Цитирование
  6. Отзывы и отчеты об ошибках

SPAdes — сборщик генома Санкт-Петербурга — это набор инструментов, содержащий различные конвейеры сборки. Это руководство поможет вам установить и запустить SPAdes. Версия SPAdes 3.14.0 была выпущена под GPLv2 27 декабря 2019 г. и может быть загружена с http: // cab.spbu.ru/software/spades/.

Поддерживаемые типы данных

Текущая версия SPAdes работает с чтениями Illumina или IonTorrent и может предоставлять гибридные сборки с использованием PacBio, Oxford Nanopore и чтения Sanger. Вы также можете указать дополнительные контиги, которые будут использоваться как длинные чтения.

Версия 3.14.0 SPAdes поддерживает чтение с парным концом, пары сопряжения и непарное чтение. SPAdes может одновременно принимать в качестве входных данных несколько библиотек парных и сопряженных пар. Обратите внимание, что SPAdes изначально был разработан для небольших геномов.Он был протестирован на бактериальных (как одноклеточных MDA, так и стандартных изолятах), грибковых и других небольших геномах. SPAdes не предназначен для больших геномов (например, геномов размера млекопитающих). Для таких целей вы можете использовать его на свой страх и риск.

Если у вас есть подробные данные для бактериального / вирусного изолята или многоклеточного организма, мы настоятельно рекомендуем использовать опцию --isolate .

SPAdes 3.14.0 включает следующие дополнительные конвейеры:

  • metaSPAdes — конвейер для наборов метагеномных данных (см. Параметры metaSPAdes).
  • Плазмида

  • SPAdes — конвейер для извлечения и сборки плазмид из наборов данных WGS (см. Варианты плазмид).
  • metaplasmidSPAdes — конвейер для извлечения и сборки плазмид из метагеномных наборов данных (см. Параметры плазмид).
  • rnaSPAdes — ассемблер транскриптома de novo из данных RNA-Seq (см. Руководство по rnaSPAdes).
  • truSPAdes — модуль для сборки штрих-кода TruSeq (см. Руководство TruSPAdes).
  • biosyntheticSPAdes — модуль для сборки кластера биосинтетических генов с считыванием парных концов (см. Параметры biosynthicSPAdes).

Кроме того, мы предоставляем несколько автономных двоичных файлов с относительно простым интерфейсом командной строки: подсчет k-mer ( spades-kmercounter ), построение графа сборки ( spades-gbuilder ) и средство выравнивания графа для длительного чтения (). spades-gmapper ). Чтобы узнать о возможностях этих инструментов, вы можете либо запустить их без параметров, либо прочитать этот раздел.

Трубопровод SPAdes

SPAdes поставляется в виде нескольких отдельных модулей:

  • BayesHammer — средство исправления ошибок чтения для операций чтения Illumina, которое хорошо работает как с одноклеточными, так и со стандартными наборами данных.
  • IonHammer — средство исправления ошибок чтения данных IonTorrent, которое также работает с обоими типами данных.
  • SPAdes — модуль итеративной короткочитаемой сборки генома; значения K выбираются автоматически в зависимости от длины чтения и типа набора данных.
  • MismatchCorrector — инструмент, который улучшает несоответствие и короткие интервалы отступа в результирующих контигах и каркасах; в этом модуле используется инструмент BWA [Li H. and Durbin R., 2009]; MismatchCorrector по умолчанию отключен, но мы рекомендуем включить его (см. Раздел «Параметры SPAdes»).

Мы рекомендуем запускать SPAdes с BayesHammer / IonHammer для получения высококачественных сборок. Однако, если вы используете свой собственный инструмент исправления чтения, можно отключить модуль исправления ошибок. Также возможно использовать только этап исправления ошибок чтения, если вы хотите использовать другой ассемблер. См. Раздел параметров SPAdes.

SPA Производительность

В этом разделе мы приводим приблизительные данные о производительности SPAdes на двух наборах данных:

Мы запускали SPAdes с параметрами по умолчанию, используя 16 потоков на сервере с Intel Xeon 2.Процессоры 27 ГГц. BayesHammer работает примерно за полчаса и требует до 8 ГБ ОЗУ для исправления ошибок чтения для каждого набора данных. Сборка занимает около 10 минут для набора данных для изолята E. coli и 20 минут для набора данных для одноклеточных клеток E. coli . Оба набора данных требуют около 8 ГБ ОЗУ (см. Примечания ниже). MismatchCorrector работает около 15 минут с обоими наборами данных и требует менее 2 ГБ ОЗУ. Всем модулям также требуется дополнительное дисковое пространство для хранения результатов (исправленные чтения, контиги и т. Д.) И временных файлов.См. Более точные значения в таблице ниже.

Набор данных Изолят E. coli E. coli одноклеточная
Этап Время Пиковое использование ОЗУ
(Гб)
Дополнительное пространство на диске
(ГБ)
Время Пиковое использование ОЗУ
(Гб)
Дополнительное пространство на диске
(ГБ)
BayesHammer 24 мес. 7.8 8,5 25м 7,7 8,6
SPAdes 8 мес. 8,4 1,4 10 мес. 8,3 2,1
MismatchCorrector 10 мес. 1,7 21,4 12 мес. 1,8 22,4
Весь трубопровод 42м 8,4 23.9 47м 8,3 25,1

Примечания:

  • Запуск SPAdes без предварительного исправления ошибок чтения (например, без BayesHammer или IonHammer), вероятно, потребует больше времени и памяти.
  • Каждый модуль удаляет свои временные файлы сразу после завершения.
  • SPAdes использует 512 МБ на поток для буферов, что приводит к более высокому потреблению памяти. Если вы установите ограничение памяти вручную, SPAdes будет использовать меньшие буферы и, следовательно, меньше оперативной памяти.
  • Статистика производительности дана для версии SPAdes 3.14.0.

Для

SPAdes требуется предустановленная 64-разрядная система Linux или Mac OS и Python (поддерживаемые версии: Python2: 2.4–2.7 и Python3: 3.2 и выше). Для получения SPAdes вы можете либо загрузить двоичные файлы, либо загрузить исходный код и скомпилировать его самостоятельно.

В случае успешной установки в каталог bin будут помещены следующие файлы:

  • лопаты.py (основной исполняемый скрипт)
  • metaspades.py (основной исполняемый скрипт для metaSPAdes)
  • plasmidspades.py (основной исполняемый скрипт для плазмидSPAdes)
  • metaplasmidspades. py (основной исполняемый скрипт для metaplasmidSPAdes)
  • rnaspades.py (основной исполняемый скрипт для rnaSPAdes)
  • truspades.py (основной исполняемый скрипт для truSPAdes)
  • лопатка-сердечник (монтажный модуль)
  • spades-gbuilder (автономное приложение для построения графиков)
  • spades-gmapper (автономное долгое чтение для выравнивателя графиков)
  • spades-kmercount (автономное приложение для подсчета k-mer)
  • лопаты-молот (модуль исправления ошибок чтения для чтения Illumina)
  • spades-ionhammer (модуль исправления ошибок чтения для IonTorrent)
  • spades-bwa (модуль выравнивания BWA, необходимый для исправления несоответствия)
  • лопаты-корректор-сердечник (модуль коррекции несовпадения)
  • spades-truseq-scfcorrection (исполняемый файл используется в конвейере truSPAdes)

Загрузка двоичных файлов SPAdes для Linux

Чтобы загрузить двоичные файлы SPAdes Linux и извлечь их, перейдите в каталог, в котором вы хотите установить и запустить SPAdes:

 wget http: // cab. spbu.ru/files/release3.14.0/SPAdes-3.14.0-Linux.tar.gz
    tar -xzf SPAdes-3.14.0-Linux.tar.gz
    компакт-диск SPAdes-3.14.0-Linux / bin / 

В этом случае запускать какие-либо сценарии установки не требуется — SPAdes готов к использованию. Мы также предлагаем добавить каталог установки SPAdes в переменную PATH .

Загрузка двоичных файлов SPAdes для Mac

Чтобы получить двоичные файлы SPAdes для Mac, перейдите в каталог, в котором вы хотите установить и запустить SPAdes:

 curl http: // cab.spbu.ru/files/release3.14.0/SPAdes-3.14.0-Darwin.tar.gz -o SPAdes-3.14.0-Darwin.tar.gz
    tar -zxf SPAdes-3.14.0-Darwin.tar.gz
    компакт-диск SPAdes-3.14.0-Darwin / bin / 

Как и в Linux, SPAdes готов к использованию, и никаких дополнительных действий по установке не требуется. Мы также предлагаем добавить каталог установки SPAdes в переменную PATH .

Скачивание и компиляция исходного кода SPAdes

Если вы хотите скомпилировать SPAdes самостоятельно, вам потребуются предустановленные следующие библиотеки:

  • g ++ (версия 5. 3.1 или выше)
  • cmake (версия 2.8.12 и выше)
  • злиб
  • libbz2

Если вы соответствуете этим требованиям, вы можете загрузить исходный код SPAdes:

 wget http://cab.spbu.ru/files/release3.14.0/SPAdes-3.14.0.tar.gz
    tar -xzf SPAdes-3.14.0.tar.gz
    компакт-диск SPAdes-3.14.0 

и соберите его с помощью следующего скрипта:

SPAdes будут построены в каталоге ./bin . Если вы хотите установить SPAdes в другой каталог, вы можете указать полный путь к целевой папке, выполнив следующую команду в bash или sh :

 ПРЕФИКС = <каталог-назначения>./spades_compile.sh 

например:

 ПРЕФИКС = / usr / local ./spades_compile.sh 

, который установит SPAdes в / usr / local / bin .

После установки вы получите те же файлы (перечисленные выше) в каталоге ./bin (или <каталог-назначения> / bin , если вы указали PREFIX). Мы также предлагаем добавить каталог установки SPAdes в переменную PATH .

Проверка установки

Для целей тестирования SPAdes поставляется с набором игрушечных данных (считывается, что соответствует первым 1000 пар оснований E.coli ). Чтобы попробовать SPAdes на этом наборе данных, запустите:

 <каталог установки spades> /spades.py --test 

Если вы добавили каталог установки SPAdes в переменную PATH , вы можете запустить:

Для простоты мы также предполагаем, что каталог установки SPAdes добавлен в переменную PATH .

Если установка прошла успешно, в конце журнала вы найдете следующую информацию:

 
===== Сборка закончена.Используемые размеры k-mer: 21, 33, 55

 * Исправленные чтения находятся в spades_test / corrected /
 * Собранные контиги находятся в spades_test / contigs.fasta
 * Собранные леса находятся в spades_test / scaffolds.fasta
 * График сборки находится в spades_test / assembly_graph. fastg
 * Граф сборки в формате GFA находится в spades_test / assembly_graph.gfa
 * Пути в графе сборки, соответствующие контигам, находятся в spades_test / contigs.paths
 * Пути в графе сборки, соответствующие каркасам, находятся в spades_test / scaffolds.пути

======= Конвейер SPAdes завершен.

========= ТЕСТ ПРОШЕЛ ПРАВИЛЬНО.

Журнал SPAdes можно найти здесь: spades_test / spades.log

Спасибо за использование SPAdes!
  

SPA Входной сигнал

SPAdes принимает в качестве входных данных чтения с парного конца, сопряженные пары и одиночные (непарные) чтения в FASTA и FASTQ. Для данных IonTorrent SPAdes также поддерживает непарное чтение в несопоставленном формате BAM (например, в формате, создаваемом Torrent Server). Однако, чтобы запустить исправление ошибок чтения, чтение должно быть в формате FASTQ или BAM.Чтения Sanger, Oxford Nanopore и PacBio CLR могут быть предоставлены в обоих форматах, поскольку SPAdes не выполняет исправление ошибок для этих типов данных.

Для запуска SPAdes 3.14.0 вам потребуется как минимум одна библиотека следующих типов:

  • Illumina парные / высококачественные сопряженные пары / непарные чтения
  • IonTorrent парные / высококачественные сопряженные пары / непарные чтения
  • PacBio CCS читает

Библиотеки Illumina и IonTorrent не должны собираться вместе.Все остальные типы входных данных совместимы. SPAdes не следует использовать, если доступны только считывания PacBio CLR, Oxford Nanopore, Sanger или дополнительные контиги.

SPAdes поддерживает сборку только сопряженной пары. Однако в этом случае мы рекомендуем использовать только высококачественные библиотеки сопряженных пар (например, у которых нет парной части). Мы тестировали конвейер только с сопряженными парами, используя пары сопряжений Illumina Nextera. Подробнее здесь.

Текущая версия SPAdes также поддерживает библиотеки Lucigen NxSeq® Long Mate Pair, которые всегда имеют прямую-обратную ориентацию. Если вы хотите использовать чтение Lucigen NxSeq® Long Mate Pair, вам понадобится библиотека регулярных выражений Python, которая должна быть предварительно установлена ​​на вашем компьютере. Вы можете установить его с помощью Python pip-installer:

или с модулем Easy Install Python:

Примечания:

  • Настоятельно рекомендуется предоставить несколько библиотек парных и сопряженных пар в соответствии с размером их вставки (от наименьшего до наибольшего).
  • Не рекомендуется запускать SPAdes при чтении PacBio с низким охватом (менее 5).
  • Мы предлагаем не запускать SPAdes при чтении PacBio для больших геномов.
  • SPAdes принимает файлы, сжатые с помощью gzip.

Библиотеки пар чтения

Используя интерфейс командной строки, вы можете указать до девяти различных библиотек сопряженных пар, до девяти библиотек сопряженных пар, а также до девяти высококачественных библиотек сопряженных пар. Если вы хотите использовать больше, вы можете использовать файл набора данных YAML. Мы также называем библиотеки парных и сопряженных пар просто как библиотеки пар чтения.

По умолчанию SPAdes предполагает, что считывание парных и высококачественных пар сопряжений имеет ориентацию вперед-назад (fr), а обычные пары сопряжений имеют ориентацию назад-вперед (rf). Однако для любой библиотеки можно установить разные ориентации с помощью параметров SPAdes.

Чтобы различать чтения в парах, мы называем их левым и правым чтением. Для прямой-обратной ориентации прямое чтение соответствует левому чтению, а обратное чтение — правому. Точно так же в ориентации назад-вперед левое и правое чтение соответствуют обратному и прямому чтению соответственно и т. Д.

Каждая библиотека пары чтения может храниться в нескольких файлах или нескольких парах файлов. Парные чтения можно организовать двумя способами:

  • В файлах парами. В этом случае левые и правые чтения помещаются в разные файлы и идут в одном порядке в соответствующих файлах.
  • В файлах с чередованием. В этом случае чтения чередуются, так что каждое правое чтение идет после соответствующего парного левого чтения.

Например, Illumina производит парное чтение двух файлов: R1.fastq и R2.fastq . Если вы выбрали сохранение чтений в парах файлов, убедитесь, что для каждого чтения из R1.fastq соответствующее парное чтение из R2.fastq помещается в соответствующий парный файл с тем же номером строки. Если вы решите использовать чередующиеся файлы, каждое чтение из R1.fastq должно сопровождаться соответствующим парным чтением из R2.fastq .

Если перед сборкой использовались адаптер и / или программное обеспечение для качественной обрезки, файлы с потерянными считываниями могут быть предоставлены как «файлы однократного чтения» для соответствующей библиотеки пары считывания.

Если вы объединили некоторые чтения из библиотеки парного конца (не пары сопряжения или высококачественной пары сопряжения) (используя инструменты, такие как BBMerge или STORM), вы должны предоставить файл с результирующими считываниями как «объединенные читать файл «для соответствующей библиотеки.
Обратите внимание, что для одной и той же библиотеки должны быть предоставлены непустые файлы с оставшимися несмешанными левыми / правыми чтениями (отдельными или с чересстрочной разверткой) (чтобы SPAdes правильно определил исходную длину чтения).

В маловероятном случае некоторые чтения из вашей библиотеки сопряженных пар (или высококачественных сопряженных пар) «объединены», вы должны предоставить полученные чтения как ОТДЕЛЬНУЮ библиотеку однократного чтения.

Непарные (однократные) библиотеки

Используя интерфейс командной строки, вы можете указать до девяти различных одноразовых библиотек. Чтобы ввести больше библиотек, вы можете использовать файл набора данных YAML.

Предполагается, что одиночные библиотеки имеют высокое качество и приемлемый охват. Например, вы можете предоставить функции чтения PacBio CCS как библиотеку для однократного чтения.

Обратите внимание, что вы не должны указывать PacBio CLR, чтения Sanger или дополнительные контиги как библиотеки для однократного чтения, для каждой из них есть отдельная опция.

PacBio и Oxford Nanopore читает

SPAdes может принимать на вход неограниченное количество библиотек PacBio и Oxford Nanopore.

Считывания PacBio CLR и Oxford Nanopore используются для гибридных сборок (например, с Illumina или IonTorrent). Нет необходимости в предварительной корректировке таких данных. SPAdes будут использовать считывания PacBio CLR и Oxford Nanopore для закрытия промежутков и разрешения повторов.

Для PacBio вам просто нужно иметь отфильтрованные подприятия в формате FASTQ / FASTA.Предоставьте эти отфильтрованные подпотоки с помощью параметра --pacbio . Показания Oxford Nanopore предоставляются с опцией --nanopore .

PacBio CCS / чтения вставки чтения или предварительно скорректированные (с использованием стороннего программного обеспечения) PacBio CLR / Oxford Nanopore чтения могут быть просто предоставлены как одиночные чтения для SPAdes.

Дополнительные контиги

Если у вас есть контиги одного и того же генома, сгенерированные другим ассемблером (ами), и вы хотите объединить их в сборку SPAdes, вы можете указать дополнительные контиги, используя --trusted-contigs или --untrusted-contigs .Первый вариант используется, когда доступны контиги высокого качества. Эти контиги будут использоваться для построения графа, закрытия пробелов и разрешения повторов. Второй вариант используется для менее надежных контигов, которые могут иметь больше ошибок или контигов неизвестного качества. Эти контиги будут использоваться только для закрытия разрыва и разрешения повторов. Количество дополнительных контигов не ограничено.

Обратите внимание, что SPAdes не выполняет сборку с использованием геномов близкородственных видов. Следует указывать только контиги одного генома.

Параметры командной строки SPAdes

Чтобы запустить SPAdes из командной строки, введите

 spades.py [параметры] -o  

Обратите внимание, что мы предполагаем, что каталог установки SPAdes добавлен в переменную PATH (в противном случае укажите полный путь к исполняемому файлу SPAdes: <каталог установки spades> /spades.py ).

Базовые опции

-o
Укажите выходной каталог.Обязательный вариант.

--isolate
Этот флаг настоятельно рекомендуется для изолированных данных с высоким покрытием и данных с несколькими ячейками; улучшает качество сборки и время работы.
Не совместим с - только исправление ошибок или - осторожные варианты .

--sc
Этот флаг требуется для данных MDA (одноклеточные).

--meta (то же, что и metaspades.py )
Этот флаг рекомендуется при сборке наборов метагеномных данных (запускает metaSPAdes, подробности см. В документе).В настоящее время metaSPAdes поддерживает только короткую библиотеку single short-read, которая должна быть парно-конечной (мы надеемся вскоре снять это ограничение). Кроме того, вы можете обеспечить длинные чтения (например, используя параметры --pacbio или --nanopore ), но гибридная сборка для метагеномов остается экспериментальным конвейером, и оптимальная производительность не гарантируется. Не поддерживает осторожный режим (исправление рассогласования недоступно). Кроме того, вы не можете указать ограничение покрытия для metaSPAdes.Обратите внимание, что metaSPAdes могут быть очень чувствительны к присутствию технических последовательностей, оставшихся в данных (в первую очередь, считывания адаптеров), пожалуйста, запустите контроль качества и предварительно обработайте свои данные соответствующим образом.

--plasmid (то же самое, что и plasmidspades.py )
Этот флаг требуется при сборке только плазмид из наборов данных WGS (запускает плазмиды SPAdes, подробности алгоритма см. В статье). Обратите внимание, что плазмидные SPAdes несовместимы с одноклеточным режимом.Кроме того, мы не рекомендуем запускать плазмидные SPAdes более чем на одной библиотеке.
Если параметры --meta и --plasmid объединены (то же, что и metaplasmidspades.py ), то запускается алгоритм metaplasmidSPAdes для извлечения плазмид из наборов метагеномных данных (подробности алгоритма см. В документе).

Для получения подробной информации о выходе плазмидных SPA и метаплазмидных SPAdes см. Раздел 3.6.

Дополнительно для плазмидных SPA и метаплазмидных SPA мы рекомендуем дополнительно проверить полученные контиги с помощью средства плазмидVerify.

--bio
Этот флаг требуется при сборке только кластеров нерибосомных и поликетидных генов из наборов данных WGS (запускает biosyntheticSPAdes, подробности алгоритма см. В документе). biosyntheticSPAdes должен работать с изолированным или метагеномным набором данных WGS. Обратите внимание, что biosyntheticSPAdes не совместим с другими режимами. См. Раздел 3.7 для получения подробной информации о выходных данных biosyntheticSPAdes.

--rna (то же, что и rnaspades.py )
Этот флаг следует использовать при сборке наборов данных RNA-Seq (запускает rnaSPAdes).Чтобы узнать больше, см. Руководство по rnaSPAdes.
Не совместим с - только исправление ошибок или - осторожные варианты .

--iontorrent
Этот флаг требуется при сборке данных IonTorrent. Позволяет использовать файлы BAM в качестве входных. Перед использованием этой опции внимательно прочтите раздел 3.3.

--test
Запускает SPAdes для набора данных игрушки; см. раздел 2.4.

-h (или --help )
Выводит справку.

-v (или --version )
Печатает версию SPAdes.

Варианты трубопроводов

--only-error-correction
Выполняет только исправление ошибок чтения.

--only-assemblyr
Запускает только модуль сборки.

- осторожный
Пытается уменьшить количество несовпадений и коротких отступов. Также запускает MismatchCorrector — инструмент пост-обработки, который использует инструмент BWA (поставляется с SPAdes). Этот вариант рекомендуется только для сборки небольших геномов. Мы настоятельно не рекомендуем использовать его для больших и средних эукариотических геномов.Обратите внимание, что этот параметр не поддерживается metaSPAdes и rnaSPAdes.

--continue
Продолжает запуск SPAdes из указанной выходной папки, начиная с последней доступной контрольной точки. КПП производятся после:

  • Модуль исправления ошибок завершен
  • итераций для каждого указанного значения K модуля сборки завершено
  • Исправление рассогласования контигов или каркасов
  • завершено

Например, если указанные значения K равны 21, 33 и 55, а SPAdes был остановлен или аварийно завершен на этапе сборки с K = 55, вы можете запустить SPAdes с параметром --continue , указав тот же выходной каталог.SPAdes продолжит выполнение, начиная со стадии сборки с K = 55. Модуль исправления ошибок и итерации для K, равного 21 и 33, больше не будут запускаться. Если установлено --continue , единственная допустимая опция — -o .

--restart-from
Перезапустить SPAdes, запускаемые из указанной выходной папки, начиная с указанной контрольной точки. КПП:

  • ec — начать с исправления ошибок
  • as — перезапустить модуль сборки с первой итерации
  • k — перезапуск с итерации с заданными значениями k, e.грамм. k55 (недоступно в режиме RNA-Seq)
  • mc — коррекция несоответствия перезапуска
  • последний — перезапуск с последней доступной контрольной точки (аналог - продолжение )

В отличие от параметра --continue , вы можете изменить некоторые параметры при использовании --restart-from . Вы можете изменить любую опцию, кроме: всех основных опций, всех опций для указания входных данных (включая --dataset ), --only-error-correction option и --only-assemblyr option.Например, если вы запускали ассемблер со значениями k 21,33,55 без коррекции несоответствия, вы можете добавить еще одну итерацию с k = 77 и выполнить шаг коррекции несоответствия, запустив SPAdes со следующими параметрами:
--restart-from k55 - k 21,33,55,77 - коррекция несоответствия -o <каталог_пред_выход> .
Поскольку все файлы будут перезаписаны, не забудьте скопировать сборку из предыдущего запуска, если она вам понадобится.

--disable-gzip-output
Заставляет модуль исправления ошибок чтения не сжимать исправленные чтения.Если этот параметр не установлен, исправленные чтения будут в формате * .fastq.gz .

Исходные данные

Указание одной библиотеки (парного или однократного чтения)

--12
Файл с чередованием прямого и обратного парного чтения.

-1
Файл с прямым чтением.

-2 <имя_файла>
Файл с обратным чтением.

--merged
Файл с объединенными парными чтениями.
Если свойства библиотеки позволяют, перекрывающиеся чтения с парного конца могут быть объединены с помощью специального программного обеспечения.
Непустые файлы с (оставшимися) несмешанными левыми / правыми чтениями (отдельными или чересстрочными) должны быть предоставлены для той же библиотеки для SPAdes, чтобы правильно определять исходную длину чтения.

-s
Файл с непарными чтениями.

Указание нескольких библиотек

Библиотеки однократного чтения

--s <#>
Файл для однократной библиотеки номер <#> ( <#> = 1,2 ,.., 9). Например, для первой библиотеки с парным концом параметр: --s1 <имя_файла>
Не используйте параметры -s для однократных библиотек, поскольку он указывает непарные чтения для первой библиотеки с парным концом.

Парные библиотеки

--pe <#> - 12
Файл с чересстрочным чтением для парной библиотеки с номером <#> ( <#> = 1,2, .., 9).Например, для первой библиотеки с однократным чтением опция: --pe1-12 <имя_файла>

--pe <#> - 1
Файл с левыми чтениями для парной библиотеки номер <#> ( <#> = 1,2, .., 9).

--pe <#> - 2
Файл с правом чтения для парной библиотеки номер <#> ( <#> = 1,2, .., 9).

--pe <#> - m
Файл с объединенными чтениями из парной библиотеки номер <#> ( <#> = 1,2 ,.., 9)
Если свойства библиотеки позволяют, парные чтения могут быть объединены с помощью специального программного обеспечения. Непустые файлы с (оставшимися) несмешанными чтениями влево / вправо (отдельными или с чересстрочной разверткой) должны быть предоставлены для той же библиотеки для SPAdes, чтобы правильно определять исходную длину чтения.

--pe <#> - s
Файл с непарными чтениями из парной библиотеки номер <#> ( <#> = 1,2, .., 9)
Например, парные чтения могут стать несопряженными во время процедуры исправления ошибок.

--pe <#> -
Ориентация чтения для парной библиотеки номер <#> ( <#> = 1,2, .., 9; = «фр», «рф», «фф»).
Ориентация по умолчанию для парных библиотек — вперед-назад ( -> <- ). Например, чтобы указать обратную-прямую ориентацию для второй библиотеки с парным концом, вы должны использовать флаг: --pe2-rf
Не следует путать с FR и RF-специфичностью цепи для данных RNA-Seq (см. RnaSPAdes руководство).

Библиотеки пар сопряжений

--mp <#> - 12
Файл с чересстрочным чтением для номера библиотеки пар сопряжений <#> ( <#> = 1,2, .., 9).

--mp <#> - 1
Файл с левыми чтениями для номера библиотеки пар сопряжений <#> ( <#> = 1,2, .., 9).

--mp <#> - 2
Файл с правом чтения для номера библиотеки пар сопряжений <#> ( <#> = 1,2 ,.., 9).

--mp <#> -
Ориентация чтения для библиотеки пары сопряжений номер <#> ( <#> = 1,2, .., 9; = «фр», «рф», «фф»).
Ориентация по умолчанию для библиотек пар сопряжений - назад-вперед ( <- -> ). Например, чтобы указать ориентацию вперед-вперед для библиотеки первой пары сопряжений, вы должны использовать флаг: --mp1-ff

Высококачественные библиотеки сопряженных пар (можно использовать только для сборки сопряженных пар)

--hqmp <#> - 12
Файл с чересстрочным чтением для высококачественной библиотеки пар сопряжений номер <#> ( <#> = 1,2 ,.., 9).

--hqmp <#> - 1
Файл с левыми чтениями для высококачественной библиотеки пар сопряжений номер <#> ( <#> = 1,2, .., 9).

--hqmp <#> - 2
Файл с правом чтения для высококачественной библиотеки пар сопряжений номер <#> ( <#> = 1,2, .., 9).

--hqmp <#> - s
Файл с непарными чтениями из высококачественной библиотеки пар сопряжений номер <#> ( <#> = 1,2 ,.., 9)

--hqmp <#> -
Ориентация чтения для высококачественной библиотеки пар сопряжений номер <#> ( <#> = 1,2, .., 9; <или > = "fr", "rf", "ff").
Ориентация по умолчанию для высококачественных библиотек пар сопряжений - прямая-обратная ( -> <- ). Например, чтобы указать ориентацию в обратном направлении для первой высококачественной библиотеки пар сопряжений, вы должны использовать флаг: --hqmp1-rf

Lucigen NxSeq® Long Mate Pair библиотеки (см. Раздел 3.1 для подробностей)

--nxmate <#> - 1
Файл с левыми чтениями для библиотеки Lucigen NxSeq® Long Mate Pair номер <#> ( <#> = 1,2, .., 9).

--nxmate <#> - 2
Файл с правом чтения для библиотеки Lucigen NxSeq® Long Mate Pair номер <#> ( <#> = 1,2, .., 9).

Данные для гибридной сборки

--pacbio
Файл с PacBio CLR читает.Для чтения PacBio CCS используйте опцию -s . Более подробная информация о чтениях PacBio представлена ​​в разделе 3.1.

--nanopore
Файл с Oxford Nanopore читает.

--sanger <имя_файла>
Файл с Sanger читает

--trusted-contigs
Надежные контиги одного и того же генома, которые, скорее всего, не будут иметь неправильной сборки и небольшого количества других ошибок (например, несоответствий и нестыковок).Эта опция не предназначена для контигов родственных видов.

--untrusted-contigs
Контиги одного генома, качество которых среднее или неизвестное. Можно использовать контиги низкого качества, но это может привести к ошибкам при сборке. Этот вариант также не предназначен для контигов родственных видов.

Указание входных данных с помощью файла набора данных YAML (расширенный)

Альтернативный способ указать набор входных данных для SPAdes - создать файл набора данных YAML.Используя файл YAML, вы можете предоставить неограниченное количество парных, сопряженных и непарных библиотек. По сути, файл набора данных YAML представляет собой текстовый файл, в котором библиотеки ввода представлены в виде списка, разделенного запятыми, в квадратных скобках. Каждая библиотека заключена в фигурные скобки в виде списка атрибутов, разделенных запятыми. Доступны следующие атрибуты:

  • ориентация («фр», «рф», «фф»)
  • Тип

  • («парный конец», «пары сопряжения», «пары hq-сопряжения», «одиночный», «пакбио», «нанопора», «sanger», «доверенные контиги», «ненадежные контиги» )
  • чересстрочных чтений (разделенный запятыми список файлов с чересстрочным чтением)
  • левых чтений (разделенный запятыми список файлов с левыми чтениями)
  • правых чтений (разделенный запятыми список файлов с правыми чтениями)
  • одиночных чтений (разделенный запятыми список файлов с одиночными чтениями или непарными чтениями из парной библиотеки)
  • объединенных чтений (разделенный запятыми список файлов с объединенными чтениями)

Чтобы правильно указать библиотеку, вы должны указать ее тип и хотя бы один файл с чтениями.Ориентация - необязательный атрибут. Его значение по умолчанию - «fr» (вперед-назад) для парных библиотек и «rf» (назад-вперед) для библиотек сопряженных пар.

Значение каждого атрибута указывается после двоеточия. Списки файлов, разделенных запятыми, следует приводить в квадратных скобках. Для каждого файла вы должны указать его полный путь в двойных кавычках. Убедитесь, что файлы с правым чтением даны в том же порядке, что и соответствующие файлы с левым чтением.

Например, если у вас есть одна библиотека с парным концом, разделенная на две пары файлов:

 lib_pe1_left_1.fastq
    lib_pe1_right_1.fastq
    lib_pe1_left_2.fastq
    lib_pe1_right_2.fastq 

библиотека с одной парой сопряжения:

 lib_mp1_left.fastq
    lib_mp1_right.fastq 

и PacBio CCS и CLR читает:

 pacbio_ccs.fastq
    pacbio_clr.fastq 

YAML-файл должен выглядеть так:

 [
      {
        ориентация: "фр",
        тип: "парный конец",
        справа читается: [
          "/FULL_PATH_TO_DATASET/lib_pe1_right_1.fastq",
          "/ FULL_PATH_TO_DATASET / lib_pe1_right_2.fastq "
        ],
        слева читает: [
          "/FULL_PATH_TO_DATASET/lib_pe1_left_1.fastq",
          "/FULL_PATH_TO_DATASET/lib_pe1_left_2.fastq"
        ]
      },
      {
        ориентация: «рф»,
        тип: "мат-пары",
        справа читается: [
          "/FULL_PATH_TO_DATASET/lib_mp1_right.fastq"
        ],
        слева читает: [
          "/FULL_PATH_TO_DATASET/lib_mp1_left.fastq"
        ]
      },
      {
        тип: "одиночный",
        одиночные чтения: [
          "/ FULL_PATH_TO_DATASET / pacbio_ccs.fastq "
        ]
      },
      {
        тип: "pacbio",
        одиночные чтения: [
          "/FULL_PATH_TO_DATASET/pacbio_clr.fastq"
        ]
      }
    ] 

После создания файла YAML сохраните его с расширением .yaml (например, как my_data_set.yaml ) и запустите SPAdes с параметром --dataset :
--dataset <ваш файл YAML>
Примечания :

  • Параметр --dataset нельзя использовать с другими параметрами для указания входных данных.
  • Мы рекомендуем вкладывать все файлы с длинными чтениями одного и того же типа данных в один блок библиотеки.

Дополнительные параметры

-t (или --threads )
Количество потоков. Значение по умолчанию - 16.

-m (или --memory )
Установить лимит памяти в Гб. SPAdes завершает работу, если достигает этого предела. Значение по умолчанию - 250 Гб. Фактический объем потребляемой оперативной памяти будет ниже этого предела.Убедитесь, что это значение подходит для данной машины. SPAdes использует предельное значение для автоматического определения размеров различных буферов и т. Д.

--tmp-dir
Установить каталог для временных файлов для исправления ошибок чтения. Значение по умолчанию: / corrected / tmp

-k
Разделенный запятыми список используемых размеров k-мер (все значения должны быть нечетными, меньше 128 и перечислены в порядке возрастания).Если установлен --sc , значения по умолчанию 21,33,55. Для наборов данных с несколькими ячейками K значения автоматически выбираются с использованием максимальной длины чтения (подробности см. В примечании по сборке длинных парных считываний Illumina). Чтобы правильно выбрать значения K для данных IonTorrent, прочтите раздел 3.3.

--cov-cutoff
Считать значение отсечки покрытия. Должно быть положительное значение с плавающей запятой, либо «авто», либо «выключено». Значение по умолчанию - «выключено». Если установлено значение «auto», SPAdes автоматически вычисляет порог покрытия с использованием консервативной стратегии.Обратите внимание, что этот параметр не поддерживается в metaSPAdes.

--phred-offset <33 или 64>
Смещение качества PHRED для входных считываний может быть 33 или 64. Оно будет обнаружено автоматически, если оно не указано.

Примеры

Чтобы проверить набор данных игрушки, вы также можете запустить следующую команду из каталога SPAdes bin :

 spades.py --pe1-1 ../share/spades/test_dataset/ecoli_1K_1.fq.gz \
    --pe1-2 ../share/spades/test_dataset/ecoli_1K_2.fq.gz -o spades_test 

Если ваша библиотека разделена на несколько пар файлов, например:

 lib1_forward_1.fastq
    lib1_reverse_1.fastq
    lib1_forward_2.fastq
    lib1_reverse_2.fastq 

убедитесь, что соответствующие файлы указаны в том же порядке:

 spades.py --pe1-1 lib1_forward_1.fastq --pe1-2 lib1_reverse_1.fastq \
    --pe1-1 lib1_forward_2.fastq --pe1-2 lib1_reverse_2.fastq \
    -o spades_output 

Файлы с чередованием парных чтений или файлы с непарными чтениями могут быть указаны в любом порядке, по одному файлу на параметр, например:

 лопат.py --pe1-12 lib1_1.fastq --pe1-12 lib1_2.fastq \
    --pe1-s lib1_unpaired_1.fastq --pe1-s lib1_unpaired_2.fastq \
    -o spades_output 

Если у вас есть несколько считываний парных и сопряженных пар, например:

библиотека парного конца 1

 lib_pe1_left.fastq
    lib_pe1_right.fastq 

библиотека сопряженных пар 1

 lib_mp1_left.fastq
    lib_mp1_right.fastq 

библиотека сопряженных пар 2

 lib_mp2_left.fastq
    lib_mp2_right.fastq 

убедитесь, что файлы, соответствующие каждой библиотеке, сгруппированы вместе:

 лопат.py --pe1-1 lib_pe1_left.fastq --pe1-2 lib_pe1_right.fastq \
    --mp1-1 lib_mp1_left.fastq --mp1-2 lib_mp1_right.fastq \
    --mp2-1 lib_mp2_left.fastq --mp2-2 lib_mp2_right.fastq \
    -o spades_output 

Если у вас есть непарные чтения IonTorrent, PacBio CLR и дополнительные надежные контиги:

 it_reads.fastq
    pacbio_clr.fastq
    contigs.fasta 

запустите SPAdes с помощью следующей команды:

 spades.py --iontorrent -s it_reads.fastq \
    --pacbio pacbio_clr.fastq --trusted-contigs contigs.fastq \
    -o spades_output 

Если библиотека для однократного чтения разбита на несколько файлов:

 непарный1_1.fastq
    unpaired1_2.fastq
    unpaired1_3.fasta 

укажите их как одну библиотеку:

 spades.py --s1 unpaired1_1.fastq \
    --s1 unpaired1_2.fastq --s1 unpaired1_3.fastq \
    -o spades_output 

При необходимости все параметры для указания входных данных могут быть смешаны, но убедитесь, что файлы для каждой библиотеки сгруппированы, а файлы с левым и правым парными чтениями перечислены в одном порядке.

Сборка IonTorrent читает

В качестве входных данных поддерживаются только файлы FASTQ или BAM.

Выбор длины k-мер для IonTorrent нетривиален. Если набор данных более или менее традиционный (хорошее покрытие, невысокий сборщик мусора и т. Д.), Используйте нашу рекомендацию для длинных чтений (например, сборка с использованием длины k-mer 21,33,55,77,99,127). Однако из-за увеличения количества ошибок могут потребоваться некоторые изменения длин k-мер (например, выбор более коротких). Например, если вы запускали SPAdes с длинами k-мер 21,33,55,77, а затем решили собрать тот же набор данных, используя большее количество итераций и большие значения K, вы можете запустить SPAdes еще раз, указав ту же выходную папку и следующие параметры: --restart-from k77 -k 21,33,55,77,99,127 --mismatch-Correction -o

.Не забудьте скопировать контиги и каркасы из предыдущего запуска. В следующих версиях мы планируем решить проблему выбора длин k-мер для чтения IonTorrent.

Возможно, вам вообще не понадобится исправление ошибок для фермента Hi-Q. Однако мы предлагаем попробовать собрать ваши данные с исправлением ошибок и без него и выбрать лучший вариант.

Для нетривиальных наборов данных (например, с высоким GC, низким или неравномерным покрытием) мы предлагаем включить режим одной ячейки (параметр --sc ) и использовать длину k-мер 21,33,55.

Сборка длинных парных считывателей Illumina (2x150 и 2x250)

Последние достижения в технологии секвенирования ДНК привели к быстрому увеличению длины считывания. В настоящее время обычной ситуацией является наличие набора данных, состоящего из 2x150 или 2x250 парных операций чтения, произведенных Illumina MiSeq или HiSeq2500. Однако использование только более длинных операций чтения не приведет к автоматическому улучшению качества сборки. Необходим ассемблер, который сможет правильно их использовать.

SPAdes использование итеративных длин k-мер позволяет использовать весь потенциал длинных парных чтений.В настоящее время необходимо настроить параметры ассемблера вручную, но вскоре мы планируем включить автоматический расчет необходимых параметров.

Обратите внимание, что помимо длины чтения большое значение имеет также длина вставки. Не рекомендуется секвенировать фрагмент размером 300 пар оснований с парой чтений по 250 пар оснований. Мы предлагаем использовать фрагменты размером 350-500 п.н. с чтениями 2x150 и фрагменты 550-700 п.н. с чтениями 2x250.

Набор данных из нескольких ячеек с длиной чтения 2x150

Не выключайте исправление ошибок SPAdes (модуль BayesHammer), которое включено в конвейер SPAdes по умолчанию.

Если у вас достаточно покрытия (50x +), вы можете попробовать установить длины k-мер 21, 33, 55, 77 (выбрано по умолчанию для чтения с длиной 150 бит).

Убедитесь, что вы запускаете ассемблер с опцией --careful , чтобы минимизировать количество несоответствий в конечных контигах.

Мы рекомендуем вам проверять файл журнала SPAdes в конце каждой итерации, чтобы контролировать среднее покрытие контигов.

Для чтений, исправленных перед запуском ассемблера:

 лопат.py -k 21,33,55,77 - осторожно --only-assemblyr <ваши чтения> -o spades_output 

Чтобы исправить и собрать показания:

 spades.py -k 21,33,55,77 - осторожно <ваши чтения> -o spades_output 

Набор данных из нескольких ячеек с длиной чтения 2 x 250

Не выключайте исправление ошибок SPAdes (модуль BayesHammer), которое включено в конвейер SPAdes по умолчанию.

По умолчанию мы предлагаем увеличивать длину k-mer с шагом 22, пока длина k-mer не достигнет 127.Точная длина k-mer зависит от покрытия: длина k-mer, равная 127, соответствует охвату 50x k-mer и выше. Для длины чтения 250 битов SPAdes автоматически выбирает значения K, равные 21, 33, 55, 77, 99, 127.

Убедитесь, что вы запускаете ассемблер с опцией --careful , чтобы минимизировать количество несоответствий в конечных контигах.

Мы рекомендуем вам проверять файл журнала SPAdes в конце каждой итерации, чтобы контролировать среднее покрытие контигов.

Для чтений, исправленных перед запуском ассемблера:

 лопат.py -k 21,33,55,77,99,127 - осторожно --only-assemblyr <ваши чтения> -o spades_output 

Чтобы исправить и собрать показания:

 spades.py -k 21,33,55,77,99,127 - осторожно <ваши чтения> -o spades_output 

Набор данных с одной ячейкой с длиной считывания 2 x 150 или 2 x 250

Рекомендуются длины k-мер по умолчанию. Для наборов данных с одной ячейкой SPAdes выбирает размеры 21, 33 и 55 k-мер.

Однако может быть непросто полностью использовать преимущества длинного чтения, которое у вас есть.Свяжитесь с нами для получения дополнительной информации и обсуждения стратегии сборки.

Выход SPAdes

SPAdes хранит все выходные файлы в , который задается пользователем.

  • / corrected / каталог содержит операции чтения, исправленные BayesHammer в файлах * .fastq.gz ; если сжатие отключено, чтения сохраняются в несжатых файлах * .fastq
  • / scaffolds.fasta содержит результирующие каркасы (рекомендуется использовать в качестве результирующих последовательностей)
  • /contigs.fasta содержит результирующие контиги
  • /assembly_graph.gfa содержит граф сборки SPAdes и пути каркасов в формате GFA 1.0
  • /assembly_graph.fastg содержит граф сборки SPAdes в формате FASTG
  • /contigs.paths содержит пути в графе сборки, соответствующие контигам.fasta (подробности см. ниже)
  • /scaffolds.paths содержит пути в графе сборки, соответствующие scaffolds.fasta (подробности см. Ниже)

Имена контигов / скаффолдов в выходных файлах SPAdes FASTA имеют следующий формат:
> NODE_3_length_237403_cov_243.207
Здесь 3 - номер контига / скаффолда, 237403 - длина последовательности нуклеотидов. - это покрытие k-мерой для последнего (наибольшего) использованного значения k.Обратите внимание, что покрытие k-mer всегда ниже, чем покрытие для чтения (для каждой базы).

В общем, SPAdes использует два метода для соединения контигов в каркасы. Первый полагается на пары чтения и пытается оценить размер промежутка, разделяющего контиги. Второй зависит от графа сборки: например, если два контига разделены сложным тандемным повторением, которое не может быть точно разрешено, контиги объединяются в каркас с фиксированным размером разрыва 100 п.н. Контиги, производимые SPAdes, не содержат N символов.

Для просмотра файлов FASTG и GFA мы рекомендуем использовать инструмент визуализации Bandage. Обратите внимание, что последовательности, хранящиеся в assembly_graph.fastg , соответствуют контигам до разрешения повторов (края графа сборки). Пути, соответствующие контигам после разрешения повторов (скаффолдинг), хранятся в contigs.paths ( scaffolds.paths ) в формате, принятом Bandage (подробности см. В вики Bandage). Пример приведен ниже.

Пусть контиг с именем NODE_5_length_100000_cov_215.651 состоят из следующих ребер графа сборки:

 > EDGE_2_length_33280_cov_199.702
    > EDGE_5_length_84_cov_321.414 "
    > EDGE_3_length_111_cov_175.304
    > EDGE_5_length_84_cov_321.414 "
    > EDGE_4_length_66661_cov_223.548
  

Тогда contigs.paths будет содержать следующую запись:

  NODE_5_length_100000_cov_215.651
    2 +, 5-, 3 +, 5-, 4 +
  

Поскольку текущая версия Bandage не принимает пути с пробелами, пути, соответствующие контигам / каркасам, прыгающим через пробел в графе сборки, разделяются точкой с запятой в позициях пробелов.Например, следующая запись

  NODE_3_length_237403_cov_243.207
    21-, 17-, 15+, 17-, 16+;
    31 +, 23-, 22 +, 23-, 4-
  

утверждает, что NODE_3_length_237403_cov_243.207 соответствует пути с 10 ребрами, но перепрыгивает через промежуток между ребрами EDGE_16_length_21503_cov_482.709 и EDGE_31_length_140767_cov6_220.239 9020.239 .

Полный список содержимого представлен ниже:

  • подмости.fasta - результирующие скаффолды (рекомендуется использовать в качестве результирующих последовательностей)

  • contigs.fasta - результирующие контиги

  • assembly_graph.fastg - график сборки

  • contigs.paths - пути контигов в графе сборки

  • scaffolds.paths - пути лесов в сборочном графе

  • before_rr.fasta - контиги перед разрешением повтора

  • исправлено / - файлы с исправлением ошибок чтения

    • configs / - файлы конфигурации для исправления ошибок чтения
    • исправлено.yaml - внутренний файл конфигурации
    • Выходные файлы с исправленными чтениями
  • params.txt - информация о параметрах SPAdes в этом прогоне

  • spades.log - журнал SPAdes

  • dataset.info - внутренний файл конфигурации

  • input_dataset.yaml - внутренний файл набора данных YAML

  • K <##> / - каталог, содержащий промежуточные файлы из прогона с K = <##>.Эти файлы не следует использовать в качестве результатов сборки; используйте полученные контиги / скаффолды в файлах, упомянутых выше.

SPAdes перезапишет эти файлы и каталоги, если они существуют в указанном .

Плазмида

Выход SPAdes

плазмидных SPA и метаплазмидных SPAdes выводят только последовательности ДНК из предполагаемых плазмид. Имена и форматы выходных файлов остаются такими же, как и в SPAdes (см. Предыдущий раздел), со следующими отличиями.

Для всех названий контигов плазмид SPAdes в contigs.fasta , scaffolds.fasta и assembly_graph.fastg мы добавляем суффикс _component_X , где X - идентификатор предполагаемой плазмиды, к которой принадлежит контиг. Обратите внимание, что плазмидные SPAdes могут быть не в состоянии разделять похожие плазмиды, и поэтому их контиги могут появляться с одинаковым идентификатором.

Для метаплазмидSPAdes выводятся только полные предполагаемые плазмиды (т. Е. Кольцевые контиги).

биосинтетическихSPAdes выход

biosyntheticSPAdes выводит три интересующих файла:

  • gene_clusters.fasta - содержит последовательности ДНК из предполагаемых биосинтетических кластеров генов (BGC). Поскольку образец eash может содержать несколько BGC, а biosyntheticSPAdes могут выводить несколько предполагаемых последовательностей ДНК для кластера eash, для каждого имени контига мы добавляем суффикс _cluster_X_candidate_Y , где X - это идентификатор BGC, а Y - идентификатор кандидата из BGC.
  • bgc_statistics.txt - содержит статистику о составе BGC в образце. Во-первых, он выводит количество совпадений домена в выборке. Затем для каждого кандидата BGC мы выводим порядок доменов с положениями в соответствующей последовательности ДНК из gene_clusters.fasta.
  • domain_graph.dot - содержит структуру графа домена, которая может использоваться для оценки сложности выборки и структуры BGC. Для получения дополнительной информации о построении графа предметной области, пожалуйста, обратитесь к статье.

Оценка сборки

QUAST можно использовать для генерации сводной статистики (N50, максимальная длина контига, GC%, # генов, найденных в справочном списке или с помощью встроенных инструментов поиска генов и т. Д.) для единичной сборки. Его также можно использовать для сравнения статистики для нескольких сборок одного и того же набора данных (например, SPAdes запускаются с разными параметрами или несколькими разными ассемблерами).

к-мер считая

Чтобы предоставить входные данные в инструмент подсчета k-mer SPAdes spades-kmercounter , вы можете просто указать файлы в поддерживаемых SPAdes форматах без каких-либо флагов (после всех опций) или предоставить файл описания набора данных в формате YAML.

Вывод: / final_kmers - неупорядоченный набор kmers в двоичном формате.Учитываются Kmers как от прямого, так и от
до обратного дополнительных чтений.

Формат вывода: Все кмеры записываются последовательно без разделителей. Каждый кмер берет одно и то же значение в
мегабит бит. Один кмер длины K занимает 2 * K бит. Кмеры выровнены по 64 бита. Например, один kme
r с длиной = 21 занимает 8 байтов, с длиной = 33 - 16 байтов, а с длиной = 55 - 16 байтами. Нуклеотид Eac
h кодируется двумя битами: 00 - A, 01 - C, 10 - G, 11 - T.

Пример:

  Для kmer: AGCTCT
    Память: 6 бит * 2 = 12, 64 бит (8 байтов)
    Опишем байты:
    данные [0] = AGCT -> 11 01 10 00 -> 0xd8
    данные [1] = CT00 -> 00 00 11 01 -> 0x0d
    данные [2] = 0000 -> 00 00 00 00 -> 0x00
    данные [3] = 0000 -> 00 00 00 00 -> 0x00
    данные [4] = 0000 -> 00 00 00 00 -> 0x00
    данные [5] = 0000 -> 00 00 00 00 -> 0x00
    данные [6] = 0000 -> 00 00 00 00 -> 0x00
    данные [7] = 0000 -> 00 00 00 00 -> 0x00
  

Синопсис: spades-kmercount [ВАРИАНТ...] <входные файлы>

Возможные варианты:

-d, --dataset file <имя файла>
описание набора данных (в формате YAML), входные файлы игнорируются

-k, --kmer
длина k-mer (по умолчанию: 21)

-t, --threads
количество используемых потоков (по умолчанию: количество процессоров)

-w, --workdir <имя каталога>
рабочий каталог для использования (по умолчанию: текущий каталог)

-b, --bufsize
размер буфера сортировки в байтах на поток (по умолчанию 536870912)

-h, --help
распечатать справочное сообщение

k-mer фильтр чтения покрытия

spades-read-filter - это инструмент для фильтрации считываний со средним kmer-покрытием меньше порогового.

Чтобы предоставить входные данные для инструмента фильтра чтения k-mer SPAdes spades-read-filter , вы должны предоставить файл описания набора данных в формате YAML.

Синопсис: spades-read-filter [ОПЦИЯ ...] -d

Возможные варианты:

-d, --dataset file <имя файла>
описание набора данных (в формате YAML)

-k, --kmer
длина k-mer (по умолчанию: 21)

-t, --threads
количество используемых потоков (по умолчанию: количество процессоров)

-o, --outdir


выходной каталог для использования (по умолчанию: текущий каталог)

-c, --cov
порог медианного подсчета kmer (считывать пары, s.т. kmer count median for BOTH read LESS OR EQUAL to this value, будет проигнорирован)

-h, --help
распечатать справочное сообщение

k-mer мощность, оценивающая

spades-kmer-Estimating - это инструмент для оценки приблизительного количества уникальных k-мер в предоставленных считываниях. Кмеры из обратных дополнительных чтений не учитываются при оценке мощности k-мер.

Чтобы предоставить входные данные для инструмента оценки мощности k-mer SPAdes spades-kmer-Estimating , вы должны предоставить файл описания набора данных в формате YAML.

Синопсис: spades-kmer-эстимейт [ВАРИАНТ ...] -d

Возможные варианты:

-d, --dataset file <имя файла>
описание набора данных (в формате YAML)

-k, --kmer
длина k-mer (по умолчанию: 21)

-t, --threads
количество используемых потоков (по умолчанию: количество процессоров)

-h, --help
распечатать справочное сообщение

Построение графика

Инструмент построения графиков spades-gbuilder имеет две обязательные опции: файл описания набора данных в формате YAML и имя выходного файла.

Синопсис: spades-gbuilder <описание набора данных (в YAML)> <имя файла вывода> [-k <значение>] [-t <значение>] [-tmpdir

] [-b <значение>] [-unitigs | -fastg | -gfa | -spades]

Дополнительные опции:

-k
k-mer Длина, используемая для строительства (должна быть нечетной)

-t
количество потоков

-tmp-dir
рабочий каталог для использования

-b
размер буфера сортировки (на поток, в байтах)

-шт.
км. Длина, используемая для строительства (должна быть нечетной)

-fastg
выходной график в формате FASTG

-gfa
выходной график в формате GFA1

-spades
выходной график во внутреннем формате SPAdes

Длинное считывание для выравнивания графика

hybridSPAdes выравниватель

Инструмент spades-gmapper дает возможность извлекать длинные выравнивания чтения, созданные с помощью опций конвейера hybridSPAdes.У него есть три обязательных опции: файл описания набора данных в формате YAML, файл графика в формате GFA и имя выходного файла.

Синопсис: spades-gmapper <описание набора данных (в YAML)> <график (в GFA)> <выходное имя файла> [-k <значение>] [-t <значение>] [-tmpdir

]

Дополнительные опции:

-k
Длина k-мер, которая использовалась для построения графа

-t
количество потоков

-tmpdir
рабочий каталог для использования

В то время как spades-mapper - это решение для тех, кто работает над сборкой hybridSPAdes и хочет получить именно его промежуточные результаты, SPAligner - это приложение конечного продукта для выравнивания последовательностей с графами с настраиваемыми параметрами и типами вывода.

SPAligner

Инструмент для быстрого и точного сопоставления нуклеотидных последовательностей с графами сборки. Он принимает файл с последовательностями (в формате fasta / fastq) и сборку в формате GFA и выводит длинные считанные для выравнивания графа в различных форматах (например, tsv, fasta и GPA).

Синопсис: spaligner assembly / src / projects / spaligner_config.yaml -d -s -g -k [-t ] [-o ]

Параметры:

-d <тип>
long reads type: nanopore, pacbio

-s
файл с последовательностями (в fasta / fastq)

-g
файл с графиком (в GFA)

-k
Длина k-мер, которая использовалась для построения графа

-t
количество потоков (по умолчанию: 8)

-o, --outdir


выходной каталог для использования (по умолчанию: spaligner_result /)

Для получения дополнительной информации о параметрах и опциях, пожалуйста, обратитесь к основному руководству SPAligner (ассемблер / src / projects / spaligner / README.мкр).

Также, если вы хотите выровнять белковые последовательности, обратитесь к нашей предварительной версии.

Если вы используете SPAdes в своем исследовании, включите Nurk, Bankevich et al., 2013 в свой список литературы. Вы также можете вместо этого добавить Bankevich, Nurk et al., 2012.

Если вы выполняете гибридную сборку с использованием считывания PacBio или Nanopore, вы также можете процитировать Antipov et al., 2015.

Если вы используете несколько библиотек с парными концами и / или сопряженными парами, вы также можете цитировать статьи, описывающие алгоритмы повторного разрешения SPAdes Prjibelski et al., 2014 и Vasilinetc et al., 2015.

Если вы используете metaSPAdes, процитируйте Nurk et al., 2017.

Если вы используете плазмиды SPAdes, цитируйте Antipov et al., 2016.

Если вы используете метаплазмидыSPA и / или плазмиду Verify, цитируйте Antipov et al., 2019

Для цитирования rnaSPAdes использовать Bushmanova et al.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *